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ac4C乙酰化RNA免疫沉淀测序(acRIP-seq)

ac4C RNA乙酰化(N4-acetyicytidine,ac4C),N4位乙酰胞嘧啶,是真核原核生物中保守的化学修饰,早期研究认为ac4C主要存在于tRNA和18S rRNA上。近期研究显示,mRNA上也存在大量的ac4C,该修饰在促进蛋白翻译、影响RNA稳定性和可变剪接、调控基因表达发挥重要作用,是继m6A修饰之后表观转录组学的新兴开展方向。


ac4C RNA修饰的检测,凯发k8国际采用基于抗体富集的ac4C RNA乙酰化免疫共沉淀 (acetylated RNA Immunoprecipitation,acRIP)技术:基于抗体特异性结合乙酰化修饰碱基原理,以RNA免疫共沉淀富集乙酰化修饰片段为基础,然后顺利获得高通量测序(acRIP-seq),在转录组范围内研究发生乙酰化的RNA区域,高效取得结果。


凯发k8国际给予适用于不同科研需求的acRIP -seq技术:

1)ac4C 乙酰化-常量mRNA acRIP -seq

2)ac4C 乙酰化-常量mRNA +lncRNA acRIP -seq

3)ac4C 乙酰化-微量mRNA +lncRNA acRIP -seq



实验原理:

第一时间顺利获得poly(A)捕获RNA,将取得的RNA打成100nt左右的小片段;之后使用ac4C特异性抗体进行免疫共沉淀,含有ac4C修饰的RNA片段被富集并回收;进而对回收的RNA进行文库构建、高通量测序和生物信息学分析,顺利获得peak分析鉴定出ac4C修饰的位点。


实验策略:


信息分析:


送样要求:


研究案例:

mRNA中胞嘧啶核苷乙酰化可提高翻译效率

Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency

期刊:Cell      

IF:45.5

N4-乙酰胞嘧啶(ac4C)是一种由乙酰转移酶NAT10催化的mRNA修饰。本研究顺利获得对WT和下调NAT10的Hela细胞进行acRIP-seq和mRNA-seq,揭示了ac4C在编码序列中的特异性乙酰化区域富集。NAT10敲除导致在比对mRNA位点的ac4C检测减少,并与靶向mRNA整体下调相关。对mRNA半衰期分析显示,乙酰化mRNA稳定性依赖于NAT10。进一步实验表明,mRNA乙酰化在体内外增强底物翻译。在ac4C peaks的密码子含量分析揭示了在动态位点中胞嘧啶的偏倚表达,从而影响mRNA解码效率。这些发现扩展了mRNA修饰范围(包括乙酰化残基),并阐明了ac4C在mRNA翻译调控中的作用。

acRIP-seq绘制mRNA ac4C图谱


参考文献:

Arango D, et al. Immunoprecipitation and Sequencing of Acetylated RNA. Bio Protoc. 2019 Jun 20;9(12):e3278. pii: e3278. doi: 10.21769/BioProtoc.3278. PubMed PMID: 33654795.Arango D, et al. Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency. Cell. 2018 Dec 13;175(7):1872-1886.e24. pii: S0092-8674(18)31383-7. doi: 10.1016/j.cell.2018.10.030. PubMed PMID: 30449621.


以上就是关于ac4C乙酰化RNA免疫沉淀测序(acRIP-seq)技术的介绍,凯发k8国际科技给予全面的表观遗传学研究整体解决方案,有需要的老师可以顺利获得以下方式联系凯发k8国际。

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