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    羟甲基化-全基因组羟甲基化测序(ACE)

    该技术是一种全新的鉴定5hmC的方法。DNA脱氨酶APOBEC3A(A3A)能够特异地脱去C及5mC的氨基使其变为U,而5hmC则因为不被该酶识别,测序时仍被识别为C。该技术利用该酶的这种特性,特异性地检测基因组上发生的5hmC修饰


    ACE-seq原理示意如下:


    (1)利用β-葡糖基转移酶(βGT)将5hmC加上葡糖基,转变成5ghmC,5ghmC不会被A3A酶脱氨基。
    (2)利用A3A酶特异去除C和5mC的氨基,使其转变成U,而5hmC保持为C,从而将5hmC和C/5mC区分开来。




    技术优势

    1)检测范围为全基因组;
    2)单碱基分辨率;
    3)起始DNA量比常规的oxBS技术降低100倍;
    4)高准确性。


    实验策略


    信息分析


    送样要求



    研究案例

    开发了ACE-Seq技术并利用ACE-Seq探究小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC的特征及作用
    Nondestructive, base-resolution sequencing of 5-hydroxymethylcytosine using a DNA deaminase

    1、背景
    传统的鉴定5hmC的技术需要运用化学试剂进行转化,会破坏基因组DNA,且需要的DNA起始量较大。建立一种非破坏性的、低起始DNA量的鉴定5hmC的技术有助于加快加深5hmC的研究。
    2、方法
    利用DNA脱氨酶APOBEC3A(A3A)特异性脱去C及5mC的氨基使其转变成U的特性,建立了一种新型的鉴定基因组上的5hmC修饰的技术,并将该技术结合BS-Seq技术,研究了小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC的特征及作用。
    3、结论
    分析了小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC在不同基因元件的水平;
    探究了小鼠脑部神经细胞5mC及5hmC的异质性。
    探究了5mC及5hmC在小鼠脑部神经细胞中的作用。

    参考文献:
    DOI:10.1038/nbt.4204